「沈黙のパレード」の4年前に起きた事件を描く「ガリレオ 禁断の魔术」。帝都大学の准教授である汤川のもとを刑事の草薙俊平と、部下の牧村朋佳が访れる。杀害されたフリーライター・长冈修の部屋から、突然仓库の壁に穴が开くという奇妙な动画ファイルが见つかったのだ。动画を観て珍しく兴味を抱く汤川。「映像が撮影された场所を见せてくれ」と言う汤川のただならぬ様子を気にかけつつ、草薙は牧村とともに现场へ向かう。