《最终试验鲸鱼》讲述了主人公久远寺睦是巡回马戏团的一员，某日他们来到了天空中有鲸鱼游弋的城市，而他在鲸鱼之丘上遇见了神秘的鲸鱼少女的故事，随着美少女们一个个登场主角久远寺睦也开始忙碌起来。但这个城市背后到底有着什么故事呢？